Không phải tất cả trường hợp trào ngược dạ dày đều cần nội soi ngay từ đầu. Bác sĩ thường chỉ định nội soi khi triệu chứng kéo dài, tái phát nhiều lần hoặc không đáp ứng điều trị ban đầu. Các dấu hiệu cảnh báo như sụt cân, đau nhiều, nuốt nghẹn sẽ được đánh giá kỹ hơn.